Bioinformática y Software Libre

convergen

El National Center for Biotechology Information (NCBI) define la Bioinformática como un campo de la ciencia en el cual confluyen varias disciplinas tales como: biología, computación y tecnología de la información. El fin último de este campo es facilitar el descubrimiento de nuevas ideas biológicas así como crear perspectivas globales a partir de las cuales se puedan discernir principios unificadores en biología. Al comienzo de la “revolución genómica”, el concepto de bioinformática se refería sólo a la creación y mantenimiento de base de datos donde se almacena información biológica, tales como secuencias de nucleótidos y aminoácidos. El desarrollo de este tipo de base de datos no solamente significaba el diseño de la misma, sino también el desarrollo de interfaces complejas donde los investigadores pudieran acceder a los datos existentes y suministrar o revisar datos.

La Bioinformática es una disciplina emergente pero ha conseguido convertirse en una herramienta fundamental en el campo de la investigación biológica. La Medicina Molecular y la Biotecnología son dos áreas estrechamente relacionadas para las que la Bioinformática se ha convertido en herramienta imprescindible. Avances en la detección y en el tratamiento de enfermedades, así como la producción de alimentos genéticamente modificados son algunos ejemplos de aplicación de esta herramienta mencionados frecuentemente.

Básicamente, los sistemas informáticas que se emplean en este campo son:

Bases de datos; software para visualización; programas para control de reactivos, geles y otros materiales; generación y ensamblaje de secuencias; programas para análisis de secuencias; programas para predicción de estructura de proteínas; paquetes de integración y ensamblaje de mapas genéticos; software para clasificacion y comparación; técnicas de inteligencia artificial; gestión de datos; bases de datos locales o accesibles mediante redes de comunicaciones; literatura médica y científica unida a las secuencias; distribución de datos; redes de comunicaciones; aplicaciones; gestión de datos en el laboratorio; automatización de experimentos; ensamblaje de secuencias contiguas; predicción de dominios funcionales en secuencias génicas; alineación de secuencias; búsquedas den las bases de datos de estructuras; predicción de genes; predicción de la estructura de proteínas; evolución molecular, árboles filogenéticos; información científica y documentos de difusión y apoyo a la Bioinformática.

No es difícil adivinar el porqué de la importancia del uso de Software Libre en este campo. A continuación os mencionamos algunas de las razones que justifican su utilización:

genoma

Transparencia e independencia de plataforma

El uso de una herramienta cuyo código fuente está disponible, abierto a la comunidad, contribuye al desarrollo y avance científico; leitmotiv de la investigación científica. En Bioinformática se han desarrollado formatos que pueden ser utilizados bajo otras plataformas (tanto libres como propietarias). Por otro lado, el uso de Software Libre nos garantiza que los datos que obtengamos respetan los estándares abiertos y públicos.

Economía

Aunque no debemos confundir Software Libre con software gratuito, muchas de las herramientas utilizadas en este campo pueden ser descargadas de la red.

Flexibilidad

El acceso al código fuente otorga una mayor flexibilidad a los cambios y mejoras en el desarrollo de la herramienta, lo que a su vez la convierte en más potente y estable.

Algunas herramientas de Software Libre utilizadas en Bioinformática y que han conseguido un gran avance en la investigación biológica son las siguientes … Os dejamos con ellas:

EMBOSS y EMBASSY (European Molecular Biology Open Software Suite), NCBI Toolkit (Herramienta desarrollada por el National Center for Biotechnology Information), CLUSTAL W/S e incluso el mismo lenguaje PERL que se emplea para scripts en webs y del que se dice que salvó al Proyecto Genoma Humano 😀

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